きりさめ
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論文学習や研究に使えるデータベース、リンク集をまとめました。「こんなのも使ってるよ！」という方がいらっしゃいましたらTwitterまでよろしくお願い致します。
※2019/6/17 ちょさんのご助言を受けてデータベースを拡充しました。
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英語学習
- ライフサイエンス辞書
（https://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl）
無償のオンライン辞書サービス。英和・和英の対訳を調べるだけでなく、発音や用法、共起表現の検索も行うことができる。
文献管理
- Zotero (https://www.zotero.org/download/)
ジョージ・メイソン大学開発のオープンソースの引用管理ソフトウェア。
学術論文の管理とオンラインでの情報共有を目的とした、デスクトップアプリケーションおよびウェブアプリケーションの引用管理ソフトウェア。
統合データベース
- NCBI：National Center of Biotechnology Information
（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）
米国立バイオテクノロジー情報センターが運用する統合データベース。
文献データベース
- PubMed
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/)
アメリカ国立医学図書館が運用する無料の文献検索サービス。生命科学、生物医学などの書誌情報を検索することができる。
- J DreamⅢ
（https://jdream3.com）
有償。科学技術振興機構（JST）が作成し、株式会社ジー・サーチが提供する科学技術や医学などのデータベースである。文献の検索や取り寄せ、分析・調査依頼ができる。
塩基配列のデータベース
- DDBJ
（http://www.ddbj.nig.ac.jp/）
国立遺伝研究所が管理しているデータベース。上位機関は「大学共同利用機関」である。
- BLAST：The Basic Local Alignment Search Tool
（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）
核酸の配列やアミノ酸配列を検索することができる総合ツール。 アメリカ国立衛生研究所が運営している。
- rtools
(http://rtools.cbrc.jp)
RNAの高次構造を予測できるので、リボザイムの切断部位の判定などに使用できる。
タンパク質のデータベース
- PDB
（http://www.rcsb.org/pdb/）
タンパク質、核酸などに関する、実験に基づいたデータベース。国際タンパク質構造データバンクが運営している。
- PDBj：Protein Data Bank Japan
（https://pdbj.org）
国際タンパク質構造データバンクのグループである日本蛋白質構造データバンクが運営している。PDBのアーカイブおよび様々な解析ツールの提供を行っている。
- Eukaryotic Linear Motif (ELM) resource
(http://elm.eu.org)
真核生物のタンパク質に対し、どのような細胞内修飾やイベントが起こるか、アミノ酸配列をもとに予測できる。
- FPbase (https://www.fpbase.orgI)
love GFP (https://sites.google.com/site/ilovegfp/Home)
蛍光タンパク質やGCaMPなどの機能タンパク質検索サイト。
- STRING
（http://string-db.org）
発現パターンや機能の類似性から関連遺伝子やタンパク質を検索するツール。ヨーロッパ各地からライフサイエンス情報を集積する政府組織ELIXIRのプロジェクトのひとつ。
- SignalP
（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）
既知のシグナル配列を学習し、シグナル配列の位置を予測するツール。
- TargetP
（http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/）
細胞内局在を予測するツール。
- ExPASy
（https://www.expasy.org）
スイスバイオインフォマティクス研究所（SIB：Swiss Institute of Bioinformatics）の運営するデータベース。タンパク質の一次配列を基に解析できる。予想される二次構造の計算、組換えタンパク質の等電点や分子量の計算などができる。
ExPASyはタンパク質の高次構造を検索・予測することができるが、helixなど２次構造が知りたいならJpred4で十分。（ちょさん談）
いずれもタンパク質の膜貫通領域をアミノ酸配列から予測。それぞれの使い方は統合TVを参照してください。
生物のデータベース
- 高等植物
シロイヌナズナ：TAIR
（https://www.arabidopsis.org/index.jsp）
モデル生物であるシロイヌナズナについて遺伝学的データ、分子生物学データなどが掲載されている。
イチゴ：Strawberry GARDEN
(http://strawberry-garden.kazusa.or.jp)
いちごの配列検索ツール。1994 年に世界初の DNA 専門研究機関としてスタートしたかずさDNA研究所が提供。
- 微生物：MBGD
（http://mbgd.genome.ad.jp）
微生物ゲノムの比較分析のためのデータベース。
- 大腸菌：E. coli Genome Project
（https://www.genome.wisc.edu）
ウィスコンシン大学マディソン校のE.coli K-12株のゲノムプロジェクト。
- 酵母：Yeast Genome Database
（https://www.yeastgenome.org）
Saccharomyces cerevisiaeのゲノム、タンパク質情報が掲載されたデータベース。
神経系のデータベース
-
ALLEN BRAIN MAP
(http://portal.brain-map.org)
The Allen Institute for Brain Scienceが提供する脳神経の解剖学的、電気生理学的解析が掲載されるデータベース。mRNAの発現解析や視覚野の機能解析なども閲覧できる。
- Mouse Light
(http://mouselight.janelia.org)
Janeliaが提供するマウスの脳神経細胞の形態を全脳レベルで調べられるサイト。
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遺伝子工学実験で有用なツール
実験条件にあったプライマー設計の補助ツールです。
- CLUSTALW
(https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw)
核酸配列やアミノ酸配列を並べて（アライメントを作成し）解析できるサイト。Bioedit等のソフトにも実装されている。
プラスミドエディターとして有用なソフト。Win/Macに対応。Addgene（http://www.addgene.org）などのプラスミド販売サイトのデータにもしっかり対応しており、
操作がシンプルなためパソコンが苦手な人でも使いやすい。
- Snapgene
(https://www.snapgene.com)
プラスミドエディター。メーカーごとの制限酵素ライブラリーがあり、ライゲーション等で切り貼りを行いたい人には便利。
専用のファイル形式でやりとりする場合はApEよりも有用だが、パソコン初心者にはApEよりかは扱いづらい印象がある。
- Amplify4
(https://engels.genetics.wisc.edu/amplify/)
Macのみ対応。プライマーのセルフダイマーを高精度で検出できるツール。
Real-time PCR(qPCR)の新たなプライマーを作製するときには、Primer3やPrimer-BLASTと共に活用し、プライマーペアそのものの機能を予測するために用いるのがオススメ。
- Fiji (Image J)
(https://fiji.sc)
画像解析プログラムであるImage Jにさまざまな機能が付加されたパッケージ。Image Jの上位互換。
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